Poursuite du procès de Khan devant Starfleet pour ses crimes commis. Ce denier explique l’infiltration des siens ainsi que de lui dans les sphères stratégiques de la planète à la fin du XXème siècle. Cela a entraîné la guerre et la destruction avant la prise en main du monde par Khan et ses frères et sœurs génétiquement modifiés. 2nd volet centré sur le passé et les origines du grand méchant de Star Trek Into Darkness de J.J. Abrams, personnage déjà connu par les trekkies pour son rôle dans la série originale Star Trek et pour sa présence dans le film Star Trek II – La Colère de Khan.